一、家畜禽違法屠宰行為及輔導屠宰場設立及管理 二、畜牧場污染防治節能減碳及畜禽糞處理暨畜牧場妥適處理斃死畜禽及查核 三、畜牧場登記與管理,動力用電證明核發與管理及畜牧興辦事業 四、農業用地作畜牧設施容許使用核發與管理 五、畜牧調查統計與畜牧天然災害查報救助 六、畜牧查估補償 七、飼料登記與管理販賣、飼料工廠及自配戶證記與管理 八、畜產品CAS標準、履歷產品及有機品之查核暨畜產品安全業務窗口 九、畜禽產品推動行銷及產業輔導及產銷班輔導 十、家畜禽生產輔導及保險業務 十一、草食動物產品推廣行銷、生產輔導及產業團體運作輔導暨芻料生產和輔導 十二、野生動植物合理利用之管理計畫暨保育類野生動物保育工作 十三、綠蠵龜產卵棲地調查計畫工作 十四、野生動物危害及農業防治計畫工作 十五、捕蜂捉蛇計畫工作 十六、生物多樣性保育及外來入侵種管理工作 十七、農業發展基金業務 十八、放牧飼養家畜管理業務
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